Ryan Booth, è un agente sotto copertura, incaricato dall'agente speciale O'Connor di sorvegliare Alex, la quale aveva rivelato a quest’ultimo di come sparò a suo padre, Jeff Michaels, ex agente dell'FBI, durante un scontro con la madre. Ryan viene trovato incosciente, colpito da un proiettile sparato dalla pistola di Alex nel suo appartamento, insieme alle prove della sua colpevolezza nell’attacco terroristico. Alex viene per questo arrestata, ma Miranda Shaw, il suo mentore ed ex-direttrice dell'accademia di Quantico, la aiuta a fuggire. Alex riesce a scappare e torna nel suo appartamento per recuperare delle prove, lì si scontra ferocemente con Natalie, ma Alex ha la meglio. Contatta Ryan all’ospedale, il quale dice di non ricordare chi gli abbia sparato, ma sa che non è stata Alex, così decide di aiutarla dall’interno solo che per farlo dovrà dire che Alex è colpevole…
Cosa succederà da qui in poi? Chi è veramente il colpevole dell’attentato terroristico e perché vuole incastrare Alex?
Da qui in poi sarete voi a scrivere la storia di Quantico e a scoprire chi è il vero colpevole, quindi buon divertimento a tutti!